Všechny přední farmaceutické firmy začlenily mikrovlnnou syntézu mezi svá vývojová pracoviště a používají ji jako standardní vývojářský prostředek. Za použití mikrovln lze provádět např. Heck a Suzuki vazby, různé druhy substitucí nebo Diels-Alderovy reakce atd. Vhodné přístroje pro organickou syntézu a lékařskou chemii jsou Discover, Explorer, MARS a Voyager, viz přehled přístrojů a tabulka vpravo.